Efter reformationen blev Kvistbro annex till Knista, men blev åter självständigt pastorat 1651. Redan i december 1637 hade biskop Emporagius i Strängnäs uppmanat Kvistbroborna i ett brev att bygga en ny kyrka, då den gamla var bristfällig. Den nya kyrkan av trä, som är knuttimrad och spånklädd, stod klar 1662. Sakkristian är uppförd i sten och kvar från medeltiden. När

Vid kyrkan i Kvistbro har man förr hållit så kallade kyrkmarknader. Det skedde i samband med den allmänna gudstjänsten. Den 14 juni 1752 beslöt kyrkostämman att "handel om helgdagarna hädanefter här vid kyrkan vid gudstjänstens slut alldeles upphör, vid den plikt som lagen förmår, men ville någon driva handel så skulle han förfoga sig längre bort uppå Sven Olssons backe". Handel vid kyrkan omtalas också vid stämman den 18 maj 1828. I kyrkans räkenskaper för åren 1688-1735 omtalas gåvor som kyrkan har fått av handelsmän och borgare från Askersund, Borås, Eksjö, Linde, Torshälla och Örebro. Mycket talar för att de besökte Kvistbro i samband med dessa kyrkmarknader.